با پایان یافتن حکم اولیه ۶ سال حبس نرگس محمدی، حکم جدید او از تاریخ ۲۵ اسفند ۹۵ به مورد اجرا در آمده است.
خانم محمدی در سال ۱۳۸۹ به ۶ سال حبس محکوم شد. اتهامهای این فعال حقوق بشر، تبلیغ علیه نظام و اجتماع و تبانی علیه امنیت عنوان شده است.
نرگس محمدي که به دلیل بیماری و عدم توان تحمل حبس در سال ۹۱ به مرخصی استعلاجی رفته بود، در اردیبهشت ۹۴ برای اجرای حکم شش سال حبس تعزیری با هجوم نیروهای امنیتی به منزلش بازداشت و به زندان اوین منتقل شد. در همین دوران بود که وی طی حکم دیگری به ١۶ سال حبس تعزیری محکوم شد که بر اساس ماده ۱۳۴ ده سال آن باید به اجرا در بیاید.
در این پرونده جدید اتهامهای او اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی از طریق ادامه فعالیت در کانون مدافعان حقوق بشر و گروههای زنان فمینیست، برگزاری اجتماعات پیرامون حقوق شهروندی، آلودگی هوا و گرامیداشت ۸ مارس و تبلیغ علیه نظام و کارزار لغو اعدام عنوان شده است.
کمیسیون زنان شورای ملی مقاومت روز ۳۰ اردیبهشت با صدور اطلاعیه ای خواستار لغو حکم ظالمانه علیه خانم نرگس محمدی و آزادی وی از زنان گردیده بود.